En 1594, hace más de 425 años, un mercader flamenco radicado en Madrid donó una serie de inmuebles para que, a su muerte, sirvieran de alberge y hospedaje a los pobres y peregrinos procedentes de las XVII Provincias de los Países Bajos que visitaban la Villa de Madrid.

Se llamaba Carlos y era natural de Amberes.

La Fundación Carlos de Amberes se estableció en Madrid para gestionar estos bienes y asegurar el cumplimiento de los fines de la donación.

De manera ininterrumpida y con el patronato de la Corona de España desde 1608, La Fundación se ha mantenido a lo largo de los siglos desafiando los avatares de la historia.

Tras unos largos años de letargo, la Fundación Carlos de Amberes toma de nuevo fuerza entre 1983 y 1992.  Una vez recuperada la condición europea de España mediante su adhesión a la Unión Europea, un grupo de ciudadanos españoles y belgas se propusieron actualizar los fines fundacionales para hacer de esta Fundación en palabras del Rey Juan Carlos,  una herramienta  “ de impulso para el mejor conocimiento de culturas distintas integrantes de una misma identidad europea,  lo que favorecerá la inteligente comprensión del pasado común y un nuevo entendimiento entre pueblos que han optado por un proyecto histórico de comunidad y unión.”

Así, en diciembre de 1992 los Reyes de España Juan Carlos y Sofía, en presencia de los Reyes de los Belgas Balduino y Fabiola, inauguraron la rehabilitación y ampliación de la nueva sede de la Fundación, recuperando, al mismo tiempo, el cuadro El Martirio de San Andrés de Rubens que había permanecido depositado en el museo de El Prado desde 1960 y que forma parte de su patrimonio.